胚胎移植44天有褐色分泌物可能是生理因素引起的，也可能是病理因素导致的，比如先兆流产、阴道炎等，可以通过卧床休息、使用药物等方式进行改善。

一、生理因素：

可能是胚胎着床导致的少量出血，这属于正常现象，一般不需要特殊治疗，平时需要卧床休息，有利于症状减轻。

二、病理因素：

1、先兆流产：可能是胚胎因素、母体因素等原因导致的，由于体内激素下降会出现褐色分泌物，如果不及时治疗还会伴随着腹痛、流血等症状，可以在医生的指导下使用黄体酮胶囊、地屈孕酮片、保胎灵胶囊等药物治疗。

2、阴道炎：考虑是个人卫生不洁、身体免疫下降等原因引起的，会导致细菌侵袭阴道释放炎症因子，出现分泌物异常、白带增多等症状，需要遵从医嘱使用红核妇洁洗液、头孢克肟分散片、注射用头孢曲松钠等药物治疗。

除以上常见原因以外，还可能是宫颈炎、盆腔炎、子宫肌瘤等原因导致的，如患者还出现其他不适症状，需要及时去医院就诊，不可以盲目用药。